約40,000点

国宝1件21点、重要文化財7件76点を含む約40,000点の収蔵品があります。国宝桜ヶ丘出土銅鐸や聖フランシスコ・ザヴィエル像などは、教科書によく登場する資料です。　収蔵品は、考古資料、南蛮紅毛美術（池長コレクション）、開花錦絵等の美術資料、古地図・地理書（南波・秋岡コレクション）、等の古地図資料、神戸ゆかりの芸術家の作品等です。

年に数回開催する企画展、特別展は館のテーマに沿った内容で構成されています。特に特別展は、大規模な海外との交流展を開催しています。